Det opplyser det palestinske sivilforsvaret søndag ettermiddag, sitert av det tyrkiske nyhetsbyrået Anadalou Agency.
Ifølge palestinske myndigheter er dette det femte angrepet som har blitt utført av det israelske militæret.
Bygningen skal ifølge det israelske militæret IDF ha brukt som skjulested for Hamas. I tillegg mener IDF at den skal ha blitt brukt som base for angrep rettet mot Israel.
Palestinske myndigheter sier at bygget tilhørte FN for de som var drevne på flykt, og at det ikke har vært noe skjulested for Hamas.
Rundt 80 andre mennesker er såret som følge av angrepet, inkludert kvinner og barn skal ha vært blant de sårede og drepte.
Sivilforsvaret i Palestina sier at det var mange som oppholdt seg ved bygget, nærmere tusenvis som befant seg da angrepene skjedde.
IDF gjennomførte tidligere et luftangrep mot Khan Younis, sør på Gazastripen, hvor 90 mennesker ble bekreftet drept. Trolig er tallet på antall døde steget betydeligere som følge av at mange av de har blitt funnet under ruinene. Hittil er det rapportert om 141 døde, ifølge BBC.
Angrepet regnes som den mest dødeligste på Gazastripen på flere uker, og en teltleir for interne flyktninger er blant de som ble rammet av angrepene.
