Det kommer frem i en hemmeligstemplet rapport, ifølge CNN og New York Times.
USAs president, Donald Trump kunne skryte over at atomanleggene var ute av drift etter at USA sendte B-2 fly i forrige uke.
I en oppdatering på Truth Social hevder Trump at atomanleggene ble «tilintetgjøort» var en riktig måte å beskrive skadene på, og har også sagt at Irans atomprogram har blitt permanent «utslettet».
Nå har en hemmeligstemplet rapport vist at det var kun innganger til to av anleggene som ble ødelagte, og ikke selve de underjordiske reaktorene til atomanleggene.
Rapporten er utarbeidet av USAs forsvarsdepartementet.
I tillegg har Det internasjonale atomenergibyrået (IAEA) uttalt at atomanlegget i Fordow trolig har blitt påført «svært betydelige skader».
Fordow omtales som det viktigste anlegget for Irans atomprogram, og er plassert langt under bakken. Den regnes som strengt hemmelig.
Videre i rapporten kommer det frem at det er kun snakk om et tilbakeslag på noen få måneder. Etter alt å dømme, er det ifølge nyhetsbyrået Reuters snakk om 3-4 måneders tilbakeslag, men ingenting tyder på eksakt hvor mange måneder.
Nyhetsbyrået omtaler angrepet på anleggene som en stor tabbe, da ødeleggelsene ikke ble så omfattende som det først ble angitt.
Det hvite hus er svært uenig i det som kommer frem rapporten, men at de kan bekrefte at rapporten eksisterer.
– Denne påståtte evalueringen er helt feil og ble klassifisert som topp hemmelig, men ble likevel lekket til CNN av en anonym taper i etterretningsmiljøet, sier talsperson Karoline Leavitt til CNN.
– Lekkasjen av denne påståtte evalueringen er et klart forsøk på å undergrave president Trump, sier hun videre.
USAs forsvarsminister, Pete Hegseth sier at han har sett ødeleggelsene og sier at bombingen førte til at Irans mulighet til å utvikle atomvåpen er svært svekket.